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無乳症 (agalactia) 為產後母犬或母貓無法產生或分泌乳汁的狀態。可為原發性（泌乳機制障礙）或繼發性（乳腺炎、全身性疾病、壓力）。新生仔畜完全依賴母乳獲取初乳抗體與營養，無乳症可導致新生兒低血糖、脫水與死亡。
人工授精 (artificial insemination, AI) 為犬繁殖的重要輔助技術，包括陰道內授精 (vaginal AI)、經腹超音波引導子宮內授精 (TCI) 與手術子宮內授精。併發症包括感染、子宮損傷、精液品質不良與受孕失敗。proper timing 與技術為成功關鍵。。病理機制涉及組織細胞層面的損傷和免疫反應。
禽類慢性產蛋症為雌鳥持續過度產蛋的繁殖異常，導致鈣質耗竭、卵巢與輸卵管疾病及全身性營養不良。好發於雞尾鸚鵡、虎皮鸚鵡及愛情鳥等小型鸚鵡。
蛋滯留是母鳥無法在正常時間內產出蛋的急症，為寵物鳥常見的生殖急診。常因低血鈣、營養不良、輸卵管功能異常或蛋過大引起。若未及時處理可導致輸卵管壞死、泄殖腔脫垂甚至死亡。
蛋黃性腹膜炎是卵黃物質進入腹腔引起的發炎反應，可發生於排卵時卵黃未被輸卵管開口捕獲（異位排卵）或輸卵管破裂時。為母鳥嚴重的生殖系統急症，可導致腹膜炎、敗血症與死亡。
禽類繁殖系統疾病涵蓋卵阻塞、卵黃性腹膜炎、輸卵管脫垂、卵巢囊腫及腫瘤等多種生殖系統病變，為寵物鳥臨床常見且可能危及生命的疾病群。
精液中完全無精子。可能因睪丸生成障礙或輸精管阻塞。為公犬不孕主要原因之一。需詳細檢查找出病因。
陰莖及包皮發炎，常為正常菌叢過度增生或外來刺激。多數為輕度、自限性。嚴重或持續者需治療潛在病因。
未絕育公犬受雄性荷爾蒙（主要為 DHT）持續刺激，導致前列腺腺體與基質增生的常見疾病。幾乎所有未絕育老年公犬均有不同程度的 BPH。
Brucella canis引起之生殖系統感染，導致流產、死胎、不孕及睪丸炎。為人畜共通傳染病。需隔離及長期抗生素治療。
子宮頸未能適當擴張或開放導致難產。可能因先天異常、纖維化或功能障礙。需剖腹產取出胎兒。
龍貓難產指母龍貓在分娩過程中胎兒無法經產道正常排出的生殖急症。龍貓妊娠期長達約111天、胎兒體型相對骨盆龐大，加上原發或續發性子宮無力、低血鈣或胎位不正，易導致產程停滯。胎兒滯留會造成胎盤血流中斷與缺氧，並使母體陷入脫水、子宮感染與敗血症風險，母仔死亡率均高，屬須立即介入的急診。
雄性絨鼠陰莖被纏繞的毛髮形成環狀束縛 (fur ring)，若未及時移除可導致陰莖腫脹、壞死與泌尿道阻塞，為雄性絨鼠特有的生殖泌尿急症。
公龍貓特有的生殖器急症:脫落的毛髮在自我理毛或交配後纏繞累積於陰莖基部,形成緊縮的毛環(fur ring/hair ring),造成環狀壓迫、靜脈與淋巴回流受阻,使遠端陰莖鬱血腫脹且無法縮回包皮(嵌頓性包莖,paraphimosis)。若毛環壓迫尿道可導致排尿困難或阻塞,遠端組織缺血若未及時解除可進展為糜爛、壞死。臨床常見過度舔舐生殖器、不安與陰莖外露腫脹。
龍貓子宮蓄膿是完整母龍貓（多為中老齡未絕育個體）在黃體期持續高黃體素刺激下，子宮內膜囊狀增生並繼發細菌（以大腸桿菌最常見）上行性感染，膿性滲出物蓄積於子宮腔的疾病。依子宮頸開放與否分為開放型（可見外陰膿血性分泌物）與閉合型（膿液滯留、易快速惡化為敗血症與內毒素血症）。臨床上常以食慾不振、精神沉鬱與腹圍漸增表現，閉合型若延誤處理可致命。
單側或雙側睪丸未能在正常時間內下降至陰囊的發育異常。為犬最常見的生殖系統先天性異常，具遺傳傾向。
隱睪症為一側或雙側睪丸未能正常下降至陰囊的先天缺陷，為犬最常見的生殖系統先天異常。隱睪未治療有發展為睪丸腫瘤（精原細胞瘤或支持細胞瘤）的顯著風險。
囊性子宮內膜增生 (cystic endometrial hyperplasia, CEH) 為黃體酮長期刺激子宮內膜引起的增生性病變，常為子宮蓄膿 (pyometra) 的前驅病變。好發於中老齡未絕育母犬，通常在發情後黃體期（diestrus）發展。CEH-pyometra complex 為完整母犬最重要的生殖疾病之一。
難產（Dystocia）是指分娩過程無法正常進行，需要醫療介入的產科急症。可分為母體性因素（子宮無力、產道狹窄）與胎兒性因素（胎位異常、胎兒過大）。犬貓難產若未及時處理可導致母體與胎兒死亡。
產褥性低血鈣（Eclampsia）又稱產褥熱或泌乳性低血鈣，是哺乳期母犬貓因鈣質大量流失至乳汁而導致的急性低血鈣症。為真正的醫療急症，未及時治療可導致癲癇、高體溫及死亡。
子宮內膜細菌感染及炎症，可為急性或慢性。常見於產後、配種後或子宮頸開放期。可能影響生育能力。
副睪發炎，可能為細菌感染、免疫介導或外傷所致。可能導致不孕、膿腫形成。需抗生素治療，嚴重者需手術。
幼貓消逝症候群為出生後數天至數週內看似正常的幼貓突然衰弱並死亡的統稱。常見原因包括初乳攝取不足、低體溫、低血糖、新生兒同種免疫溶血（B 型母貓 × A 型幼貓）、感染（FPV、FIP、FeLV）與先天畸形。為繁殖貓舍的重要問題。
假懷孕（Pseudopregnancy/Pseudocyesis）是未懷孕母犬在黃體期後表現出類似懷孕或哺乳的行為與生理變化。因犬正常黃體期持續約 2 個月（無論是否懷孕），黃體素下降時催乳素升高，導致乳腺發育、泌乳、做巢行為等症狀。為犬正常生理的誇大表現。
胎兒過大無法通過產道，導致阻塞性難產。常見於小型母犬懷少數胎兒或單胎。需剖腹產。
胎兒位置、姿勢或方向異常導致難產。正常為頭部或後肢先出，頭部朝向產道。異常胎位需人工矯正或剖腹產。
天竺鼠分娩困難，母天竺鼠若超過 7-8 月齡才首次懷孕，恥骨聯合無法充分張開，導致嚴重難產，可能需緊急剖腹產。。病理機制涉及組織細胞層面的損傷和免疫反應。
天竺鼠卵巢囊腫是未絕育母鼠極常見的生殖系統疾病，以卵巢實質的濾泡性囊腫最常見，其次為卵巢網（rete ovarii）囊腫，發生率隨年齡上升（多見於 1.5–5 歲）。具激素活性的濾泡性囊腫持續分泌雌激素，典型表現為對稱性（兩側脅腹）非搔癢性脫毛、乳腺腫脹與子宮內膜囊狀增生；囊腫逐漸增大則造成腹部膨大、食慾不振與行為改變，偶因囊內出血或扭轉而引發急性腹痛。
未絕育母天竺鼠極為常見的生殖系統疾病，好發於 2 歲以上。囊腫可為功能性 (follicular/luteal) 或非功能性 (serous)，常導致雙側對稱性脫毛、腹部膨脹，部分可發展為卵巢腫瘤。
倉鼠子宮內膜感染化膿導致子宮內蓄積膿液的急性至亞急性疾病，為未絕育雌倉鼠常見的生殖系統急症，需緊急手術治療。
雌雄同體（或稱性發育異常，DSD）為同時具有雄性與雌性生殖組織的先天異常。可分為真性雌雄同體（同時有卵巢與睪丸組織）與假性雌雄同體。外生殖器表現曖昧不明。
子宮腔內無菌性液體蓄積。可能為假孕、賀爾蒙異常或子宮頸閉鎖所致。多數無症狀，超音波檢查發現。
母犬貓不孕症涵蓋配種後無法受孕或維持妊娠的各種原因。常見因素包括配種時機不當（最常見）、子宮疾病、卵巢功能異常、感染、先天性解剖異常與內分泌疾病。系統性繁殖評估可辨識多數原因。
公犬貓不孕症涵蓋精液品質不良、性慾缺乏或交配障礙等因素導致無法有效繁殖。常見原因包括精液品質異常（無精症、寡精症、畸形精子）、睾丸疾病、荷爾蒙異常、感染（Brucella canis）與行為問題。精液分析為核心診斷工具。
乳腺纖維上皮增生 (feline mammary fibroepithelial hyperplasia, FEH) 為貓特有的良性乳腺增殖性疾病，因黃體酮刺激引起乳腺間質纖維組織與上皮迅速增生。好發於年輕未絕育母貓首次發情後，或使用外源性黃體酮（megestrol acetate）的貓。Aglepristone（黃體酮受體拮抗劑）為特異性治療。
貓因黃體素刺激導致乳腺快速腫大。常見於未絕育母貓、懷孕貓或使用黃體素藥物後。停藥或絕育後通常改善。。Reproductive pathophysiology involves hormonal dysregulation, infectious processes, or structural abnormalities affecting the reproductive tract。
乳腺增生為犬貓荷爾蒙影響下乳腺組織良性增殖。犬常見於假懷孕期間乳腺腫脹與泌乳。貓則以纖維上皮增生 (fibroepithelial hyperplasia) 為特徵性表現，常與黃體酮（內源或外源性）相關。需與乳腺腫瘤鑑別。
乳腺炎是哺乳期母犬貓一個或多個乳腺的細菌感染性炎症，最常發生於泌乳高峰期。輕度可為局部紅腫，嚴重可進展為乳腺膿瘍、壞死性乳腺炎、敗血症。需與乳腺腫瘤及乳腺增生鑑別。
乳腺細菌感染及炎症，多發於哺乳期。可能為急性敗血性或慢性化膿性。需積極抗生素治療，嚴重者需手術引流或切除。
子宮炎 (metritis) 為產後或流產後子宮的急性細菌感染，不同於 pyometra（慢性、荷爾蒙驅動）。常見致病菌為 E. coli、Streptococcus、Staphylococcus。好發於難產後、胎盤滯留或助產操作後。為產後緊急狀態，需積極治療。。病理機制涉及組織細胞層面的損傷和免疫反應。
子宮腔內黏液蓄積，無明顯感染。可能為子宮頸閉鎖或黃體素刺激所致。多數無症狀，超音波偶然發現。
新生仔畜死亡（犬貓出生後 0-3 週齡的死亡）為繁殖犬貓的重要問題。正常新生仔畜死亡率約 10-30%。主要原因包括低出生體重、低體溫、低血糖、感染、先天畸形與母體因素（無乳、忽略）。出生後前 48 小時為最高風險期。
精子數量顯著低於正常值，但非完全無精。可能導致受孕率降低。原因包括睪丸功能不全、感染、營養不良等。
犬陰莖骨骨折，多因外傷、車禍或跨越障礙時傷及。可能導致尿道損傷、排尿困難。需手術固定或切除。。Reproductive pathophysiology involves hormonal dysregulation, infectious processes, or structural abnormalities affecting the reproductive tract。
卵巢囊腫為犬貓卵巢內液體填充的囊性結構，包括濾泡囊腫（follicular cyst）、黃體囊腫（luteal cyst）與旁卵巢囊腫（paraovarian cyst）。濾泡囊腫因持續分泌雌激素引起持續發情或骨髓抑制。OHE 為根治方法。
卵巢濾泡或黃體囊腫，可能引起賀爾蒙異常及生殖障礙。多見於未絕育母犬貓。囊腫可自發消退或需手術切除。。Reproductive pathophysiology involves hormonal dysregulation, infectious processes, or structural abnormalities affecting the reproductive tract。
卵巢殘留症候群 (ovarian remnant syndrome, ORS) 為已絕育母犬或母貓因手術時卵巢組織未完全移除，殘留的功能性卵巢組織持續分泌雌激素與黃體酮，導致出現發情行為與相關臨床表現。需再次手術移除殘留組織。
生殖細胞腫瘤，含有多種組織類型（外胚層、中胚層、內胚層）。罕見於犬貓。多為良性成熟畸胎瘤，切除後預後佳。
嵌頓包莖 (paraphimosis) 為陰莖伸出包皮後無法縮回的緊急狀態。暴露的陰莖組織迅速水腫、乾燥與壞死。犬常見於交配後、興奮或包皮環狀毛纏繞。需緊急處理以避免永久性陰莖損傷。
陰莖脫垂 (penile prolapse) 為陰莖持續暴露於包皮外的異常狀態，可因嵌頓包莖 (paraphimosis)、脊髓損傷、陰莖外傷或腫瘤引起。暴露的陰莖黏膜迅速乾燥、水腫與壞死。需緊急處理。與 paraphimosis 密切相關但亦可見於非勃起狀態的陰莖突出。