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肛門囊（肛門腺）相關疾病的總稱，包括肛門囊阻塞（impaction）、感染（sacculitis）及膿瘍形成。為犬隻最常見的肛門周圍疾病，貓隻亦可發生但較少見。反覆發作的病例可能需要手術切除肛門囊。
肛門或直腸管腔狹窄,導致排便困難。可能因手術後纖維化、慢性發炎或腫瘤引起。
腹腔積液的系統性鑑別診斷,需依積液性質 (滲出液或漏出液) 及原發病因分類。常見原因包含心衰竭、肝病、低蛋白血症及腹膜炎。
禽類念珠菌症是由白色念珠菌（Candida albicans）引起的消化道真菌感染，主要影響嗉囊與上消化道。手養幼鳥及免疫抑制個體最常見。嗉囊內壁白色增厚性病變為特徵性表現。
泄殖腔脫垂是泄殖腔組織從體外翻出的急症，可由慢性用力排便、蛋滯留、泄殖腔感染、腫瘤或營養不良引起。暴露的黏膜組織易受損傷與乾燥，需緊急處理復位。反覆脫垂者可能需手術固定。
嗉囊燙傷是手養幼鳥因餵食過熱配方奶導致嗉囊黏膜與壁的熱損傷。嚴重者可導致嗉囊壁全層壞死並形成嗉囊瘻管（嗉囊皮膚瘻），需手術修復。為手養幼鳥常見的醫源性傷害。
禽類嗉囊瘻管為嗉囊壁與皮膚之間形成的異常通道，多因嗉囊燙傷、手術後裂開或創傷導致，使嗉囊內容物外漏至頸部皮膚表面。
禽類嗉囊異物為鳥類因好奇心或啄食習慣吞入非食物性異物（如布料、金屬、塑膠等）導致的消化道急症，可造成嗉囊阻塞、穿孔或中毒。
禽類嗉囊阻塞為嗉囊內食物或異物過量堆積導致無法正常排空的急症，常見於手養幼鳥餵食不當或成鳥攝入異物。未及時處理可導致嗉囊壞死或窒息。
嗉囊停滯是指嗉囊排空功能障礙導致食物滯留的症狀，可由多種原因引起，包括感染（念珠菌、細菌）、異物、神經功能障礙或全身性疾病。手養幼鳥及鸚鵡類最為常見，需迅速找出潛在原因並治療。
Macrorhabdus ornithogaster 為一種大型非典型酵母菌，定殖於鳥類腺胃（前胃）與肌胃交界處，引起腺胃功能障礙、消瘦與死亡。為虎皮鸚鵡與金絲雀最重要的消化道真菌感染。
禽類巨菌症由 Macrorhabdus ornithogaster（前稱 megabacteria）引起，為一種影響腺胃（前胃）的酵母菌感染。好發於虎皮鸚鵡、金絲雀及雀科鳥類，導致腺胃功能障礙、消瘦及死亡。
前胃擴張症（Proventricular Dilatation Disease, PDD）為鸚鵡目鳥類的嚴重神經性消化道疾病，由禽波納病毒（Avian Bornavirus, ABV）引起，導致消化道神經節炎與前胃擴張。
禽類前胃擴張症（PDD）是由禽波納病毒（Avian Bornavirus, ABV）引起的進行性神經性疾病，主要影響消化道神經叢導致前胃擴張與消化功能障礙。鸚鵡類為主要感染對象，金剛鸚鵡尤其易感。
犬（偶見於貓）在空腹時間過長後出現的間歇性膽汁性嘔吐，通常發生在清晨或深夜。嘔吐物為黃色至綠色膽汁液，嘔吐後動物通常表現正常且食慾良好。被認為與十二指腸胃逆流和胃酸刺激空腹胃黏膜有關。
彎曲桿菌感染為 Campylobacter spp.（主要為 C. jejuni 與 C. upsaliensis）引起的腸胃道感染。犬隻健康帶菌率高，臨床感染多見於幼犬或免疫抑制動物。為人畜共通傳染病。腹瀉通常為自限性，嚴重者可出現血便。
犬冠狀病毒（CCoV）引起的腸炎，通常為自限性輕度腹瀉。CCoV 為 alpha-coronavirus，主要感染腸絨毛成熟上皮細胞。單獨感染時症狀輕微，但與 CPV 合併感染可加重病情。在收容所環境中傳播率高。
盲腸翻入結腸腔內,導致腸阻塞。罕見於犬,多為急性發作,需外科處理。
龍貓腹脹（脹氣／胃腸道蠕動停滯）是後腸發酵草食動物的急性消化道急症：盲腸與胃腸道內產氣菌群異常增生、平滑肌蠕動受抑，導致氣體與內容物滯留、胃腸腔急速擴張積氣。由於龍貓無法嘔吐，積氣無從自行緩解，腹壓上升壓迫橫膈與大血管，可迅速進展為呼吸窘迫、循環衰竭甚至胃扭轉與腸壁缺血壞死，須立即胃減壓。
龍貓盲腸鼓脹是一種急性腹症,因盲腸內正常菌叢失衡、產氣菌過度發酵食糜而大量產氣;龍貓為後腸發酵動物且無法嘔吐或噯氣排氣,加上盲腸蠕動停滯,氣體無法排出而在盲腸快速積聚,造成腹部劇烈膨脹與疼痛。膨大的盲腸壓迫橫膈與腹腔大血管,可迅速引發呼吸窘迫、低血容性休克與循環衰竭,屬需立即減壓處置的危急狀況。
龍貓糞便排出量減少或完全停止，常因飲食纖維不足、脫水或壓力引起。需與 GI stasis 區分並早期處理。
龍貓排出軟便或水樣便，可因飲食突變、細菌感染（Pseudomonas、Proteus）或寄生蟲引起。龍貓腹瀉可快速導致脫水，需積極處理。
龍貓胃腸道停滯是後腸發酵草食動物特有的消化道蠕動減慢或停止，導致食糜滯留、盲腸菌群失衡與鼓脹的急症。常因纖維攝取不足、突然換食、壓力、疼痛或脫水誘發，臨床上表現為食慾減退、糞便量減少且變小、腹脹腹痛與快速惡化的精神沉鬱，若不及時介入可進展為肝脂質沉積、內毒素血症與休克。
絨鼠消化道蠕動功能減退或停止，導致食糜滯留、脹氣與食慾廢絕，為草食性嚙齒類常見的腸胃道急症，與飲食不當、緊迫或疼痛密切相關。
龍貓草料阻塞是龍貓因攝入過多粗硬或結塊乾草、纖維不足或脫水，導致草料在胃腸道（尤其盲腸與結腸）形成乾燥緻密團塊而阻塞管腔的疾病。阻塞團塊與低纖維飲食共同抑制腸道蠕動，引發胃腸蠕動停滯（GI stasis／ileus）、盲腸菌叢失衡與產氣，臨床上出現食慾下降、糞便減少或停止、腹脹與腹痛。嚴重時水分被過度吸收使團塊更乾硬、形成惡性循環，可導致脫水、內毒素吸收與致命性完全腸阻塞。
龍貓腸套疊為腸段套入鄰近腸段的急性外科急症。常繼發於腸炎（如 Giardia、細菌性腸炎）或腸蠕動異常。龍貓無法嘔吐，初期僅表現厭食與糞便減少，容易延誤診斷。需緊急外科介入。
由 Listeria monocytogenes 引起的龍貓全身性感染，可導致腦炎、敗血症及猝死。汙染的飼料為主要感染源。
龍貓巨結腸症是一種先天性腸道神經發育異常,與毛色基因(尤其 beige/米色等致死配對的存活個體)高度相關。受影響腸段因腸肌叢(myenteric plexus)無神經節或神經節減少而失去正常蠕動,呈持續收縮並形成功能性阻塞,使近端結腸糞便與氣體持續堆積、管腔擴張並喪失收縮力,機轉類似人類 Hirschsprung 氏病。臨床上表現為慢性糞便量減少、腹脹與進行性消瘦。注意:龍貓在生理上無法嘔吐,本病不會以嘔吐表現。
公龍貓陰莖被毛髮環纏繞（fur ring）無法縮回包皮內，或包皮口過窄導致陰莖無法回縮。可能導致組織壞死，需緊急處理。
龍貓直腸黏膜或全層從肛門脫出，常因腹瀉、腸道寄生蟲或過度用力排便引起。需及時復位並治療基礎原因。
慢性腹瀉 (持續 > 3 週) 的系統性診斷方法,需區分小腸性或大腸性腹瀉,並依序排除各種可能病因。
犬貓持續超過 3 週以上的慢性消化道症狀（嘔吐、下痢、體重減輕），排除感染、代謝、腫瘤等已知病因後的腸道疾病統稱。依對治療的反應分為食物反應性腸病 (FRE)、抗生素反應性腸病 (ARE) 及免疫抑制反應性腸病 (IRE/IBD)。此分類法為目前犬慢性腸道疾病的標準診斷框架。
慢性胃炎為胃黏膜持續性炎症（>3 週），需內視鏡活檢確診。組織學分類包括淋巴細胞漿細胞性、嗜酸性球性、肉芽腫性與萎縮性胃炎。犬隻慢性胃炎可為特發性或與食物過敏、Helicobacter 感染或自體免疫機轉相關。
幽門區胃壁肌層或黏膜肥厚,導致胃排空延遲及嘔吐。常見於小型犬,可能需外科矯正。
慢性嘔吐 (持續 > 1-2 週) 的系統性診斷方法,需區分胃腸道或非胃腸道原因,並依序排除各種可能病因。
結腸黏膜炎症反應，以大腸型下痢為主要表現，包含排便急迫、黏液便、血便及排便頻率增加。可為急性（常具自限性）或慢性（需深入診斷），為犬貓大腸性下痢最常見的原因。
結直腸黏膜良性增生形成息肉,可能單發或多發。症狀包含血便、裡急後重及排便困難。
先天性巨食道症為食道神經肌肉發育異常導致食道蠕動缺失與擴張。幼犬斷奶期開始出現反流。德國牧羊犬、大丹犬、愛爾蘭雪達犬為高風險品種。吸入性肺炎為主要致命併發症。
便秘為排便困難或排便頻率減少的狀態。犬貓便秘可因飲食不當（低纖維、脫水）、疼痛（肛門疾病、骨盆骨折）、神經肌肉功能障礙、代謝異常（低血鉀、甲狀腺功能低下）或阻塞性因素導致。貓隻便秘尤其常見。
環咽肌無法正常鬆弛,導致食團無法進入食道。可為先天性或後天性,表現為吞嚥困難及逆流。
十二指腸黏膜糜爛或潰瘍,可能因 NSAIDs、類固醇、胰臟炎或腫瘤引起。症狀包含嘔吐、腹痛及黑便。
嗜酸性球性腸炎為炎症性腸病（IBD）的一種類型，特徵為腸壁嗜酸性球過度浸潤。可影響小腸和/或大腸，嚴重者可累及胃（嗜酸性球性胃腸炎）。需排除寄生蟲感染與食物過敏。部分病例對飲食調整反應良好。
食道壁局部向外膨出形成囊袋,食物可能滯留引起逆流或吸入性肺炎。可為先天性或後天性。
食道異物為滯留於食道內的異物，犬隻最常見於胸廓入口、心基底部與橫膈前方等解剖狹窄處。常見異物包括骨頭、魚刺、玩具碎片與釘子。長時間滯留可導致食道壁壞死、穿孔與縱膈炎，為需要緊急處理的急症。
食道壁破裂,內容物漏至縱膈腔或胸腔,引起縱膈炎或膿胸。為緊急狀況,死亡率高。
食道管腔因纖維化疤痕收縮而異常狹窄，導致食物通過困難。最常見原因為麻醉相關的胃食道逆流造成化學性食道炎後的疤痕性狹窄。反覆吐出未消化食物為典型表現。
食道炎為食道黏膜的炎症，可由胃食道反流（最常見，特別是全身麻醉期間）、腐蝕性物質攝入、食道異物損傷、反覆嘔吐或藥物刺激引起。嚴重或慢性食道炎可導致食道狹窄。臨床表現為吞嚥困難、反芻與食慾下降。
胰臟腺泡細胞無法分泌足夠消化酵素，導致嚴重消化吸收不良，犬以 German Shepherd 的胰臟腺泡萎縮 (PAA) 為最常見原因。
無法自主控制排便,導致不自覺排便。可能因肛門括約肌損傷、神經疾病或認知障礙引起。
雪貂冠狀病毒引起的高度傳染性腸炎，以大量綠色黏液便 (green slime disease) 為特徵，在多貂家庭與收容所快速傳播，幼貂與老年貂症狀較嚴重。