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貓最常見的肺蟲感染,幼蟲寄生於肺泡及細支氣管。透過攝食中間宿主 (蝸牛、蛞蝓) 或轉續宿主 (鳥類、齧齒類) 感染。
杓狀軟骨側化術為喉麻痺的手術治療，通常僅行單側。將癱瘓的杓狀軟骨縫合固定在外展（開放）位置。為目前治療犬喉麻痺最廣泛接受的術式。
因吸入口咽分泌物、胃內容物或其他異物進入下呼吸道，引起化學性肺損傷及繼發性細菌感染的急性肺炎。為犬最常見的肺炎類型，常與巨食道症、喉麻痺、嘔吐或全身麻醉後誤嚥有關。
禽類氣囊麴菌症為 Aspergillus 真菌特異性侵犯鳥類氣囊系統的感染，形成麴菌斑塊與肉芽腫，嚴重影響呼吸功能。為鳥類麴菌症最常見的表現形式。
禽類氣囊蟎（Sternostoma tracheacolum）為寄生於鳥類氣管、氣囊及肺部的內寄生蟲，主要影響雀科鳥類（如金絲雀、文鳥），可導致呼吸困難與死亡。
Aspergillus fumigatus 為引起禽類麴菌症最主要的病原菌種，可侵犯呼吸道、氣囊、中樞神經及其他器官，造成急性或慢性全身性黴菌感染。
禽類細菌性鼻竇炎為鳥類鼻竇（主要為眶下竇）的細菌感染，導致鼻竇腫脹、鼻分泌物與呼吸困難。常因原發性呼吸道感染或維生素 A 缺乏繼發。
鸚鵡熱（Psittacosis）由專性細胞內寄生菌 Chlamydia psittaci 引起，為重要的人畜共通傳染病。感染鳥類可出現呼吸道、消化道及全身性症狀，嚴重者可致死。
趾縮窄症候群是雛鳥常見的發育性疾病,特徵為趾部纖維性環狀縮窄,導致血液循環障礙。常見於人工育雛環境,與低濕度、營養不良和遺傳因素有關,嚴重可導致趾端壞死。
滋養丸轉換是將習慣種子飲食的鳥類轉換至營養均衡滋養丸的過程。此過程需謹慎漸進,因鳥類對新食物抗拒強烈,快速轉換可能導致厭食甚至死亡,需數週至數月完成。
禽類呼吸道麴菌症由 Aspergillus 屬真菌（主要為 A. fumigatus）引起的呼吸道感染，侵犯氣管、支氣管、肺臟及氣囊，為籠養鳥類最重要的黴菌性疾病之一。
禽類上呼吸道感染為涉及鼻腔、鼻竇、咽喉及氣管上段的感染性疾病總稱，可由細菌、病毒、黴菌或披衣菌等多種病原引起，為鳥類臨床最常見的就診原因之一。
短頭顱品種因顱骨結構異常導致上呼吸道多處解剖狹窄，造成慢性呼吸阻塞的先天性疾病群，包括狹窄鼻孔、軟顎過長、喉室外翻與氣管發育不全。
針對法國鬥牛犬、英國鬥牛犬、巴哥犬、波士頓梗等短頭顱犬種的麻醉管理。這些品種因上呼吸道解剖異常(BOAS)導致麻醉風險顯著增加,需要特殊的術前評估和圍手術期照護。
短頭犬種因頭顱結構異常導致上呼吸道多處阻塞的綜合症候群，包括鼻孔狹窄、軟顎過長、喉囊外翻和喉部塌陷。
支氣管擴張症為支氣管不可逆的異常擴張，由支氣管壁結構性破壞所致。通常為慢性呼吸道感染或炎症的後遺症。擴張的支氣管失去正常黏液纖毛清除功能，容易蓄積黏液與反覆感染，形成惡性循環。
新生幼犬貓的肺部感染,常因吸入性肺炎、免疫功能不全或母源感染。死亡率高,需積極治療。
短頭症候群（BOAS）是鬥牛犬（英國鬥牛犬）最重要的健康問題，因顱骨短縮導致上呼吸道解剖結構異常。包括狹窄鼻孔、軟顎過長、喉囊外翻與氣管發育不全。嚴重影響呼吸功能、體溫調節與生活品質。
犬呼吸道冠狀病毒 (CRCoV) 為犬傳染性呼吸道疾病複合體 (CIRDC) 的病原之一，屬於 Betacoronavirus。多數感染為輕度上呼吸道症狀，可與其他呼吸道病原共同感染加重病情。
吉娃娃氣管塌陷是因氣管軟骨環退化弱化導致氣管管腔塌扁的慢性呼吸道疾病。吉娃娃因體型極小而為高度好發品種，以典型的「鵝叫式」乾咳為主要臨床表現。
龍貓細菌性肺炎，常由 Klebsiella、Pseudomonas 或 Bordetella 引起。環境潮濕、通風差或壓力為誘因。表現為呼吸困難、鼻分泌物及嗜睡。
龍貓熱緊迫是龍貓暴露於高溫（或高溫高濕）環境時，產熱速率超越散熱能力所引發的致命性高體溫急症。龍貓原生於安地斯山高海拔涼爽乾燥環境，被毛極密、無汗腺，僅能靠耳殼血管擴張與喘息散熱，故對熱極度敏感：環境溫度約 25-28°C 即有風險，>30°C 合併高濕可在數小時內致死。持續核心高熱會使細胞蛋白變性、觸發全身性發炎與血管內皮損傷，並進展為腦水腫、急性腎損傷與瀰漫性血管內凝血（DIC），臨床可見流涎、倒臥、抽搐、休克甚至猝死。
犬隻慢性支氣管炎定義為每日咳嗽持續 2 個月以上，且排除其他咳嗽原因後診斷。為氣管與支氣管黏膜慢性炎症反應，導致黏液分泌過多、黏膜水腫與氣道壁增厚。中老年小型犬好發。與人類慢性阻塞性肺病（COPD）有相似之處。
乳糜胸是指乳糜液（富含三酸甘油酯的淋巴液）異常積聚於胸腔的疾病。乳糜液來源為胸管或其分支破裂或滲漏，導致胸腔積液及限制性呼吸障礙。病因可為特發性、創傷性、腫瘤性或因心臟疾病等引起，犬貓均可發生。
線蟲寄生於犬支氣管及肺實質,引起慢性咳嗽及呼吸道症狀。透過攝食中間宿主 (蝸牛、蛞蝓) 感染。
膈疝是橫膈膜的完整性喪失，導致腹腔器官移位至胸腔。可分為先天性（腹膜心包膜橫膈膜疝，PPDH）與後天性（外傷性）兩大類。外傷性膈疝最常見，常因車禍或高處墜落等鈍性創傷引起。腹腔器官壓迫肺臟可導致嚴重呼吸困難。
先天性橫膈疝氣為橫膈膜發育缺損導致腹腔臟器疝入胸腔的畸形。以心包膜腹膜橫膈疝（PPDH）最為常見，為一種特殊的先天性橫膈缺損合併心包膜缺損。
嗜酸性球性支氣管肺病（EBP）為犬隻呼吸道嗜酸性球浸潤性疾病，特徵為支氣管黏膜與肺實質嗜酸性球浸潤。臨床表現為慢性咳嗽、呼吸困難與運動不耐。與人類嗜酸性球性肺炎類似。需排除寄生蟲感染作為鑑別診斷。
會厭翻轉為會厭軟骨向後方翻轉或塌陷，阻塞喉部入口導致吸氣性呼吸困難。可為原發性（會厭軟骨鬆弛）或繼發於短頭犬呼吸道症候群。在嚴重呼吸困難發作時，會厭被吸入聲門上方導致急性上呼吸道阻塞。
會厭軟骨發炎腫脹,可能導致急性氣道阻塞。罕見於犬貓,多因感染或創傷引起。
鼻腔出血,可能單側或雙側。病因包含凝血障礙、鼻腔疾病、全身性疾病或高血壓。
貓最常見的慢性下呼吸道疾病，好發於 2-8 歲成貓（暹羅貓有品種傾向），本質為吸入性過敏原誘發的嗜酸球性氣道炎症，造成可逆性支氣管平滑肌收縮、黏液過度分泌與氣道高反應性。急性發作可在數十分鐘內造成致命呼吸窘迫，長期控制不佳則進展為不可逆的氣道重塑。
貓疱疹病毒（FHV-1）引起的上呼吸道感染與鼻炎，為貓隻最常見的呼吸道病毒之一。急性感染後病毒潛伏於三叉神經節，緊迫時可再活化。慢性鼻炎、鼻竇炎為常見後遺症，特別是幼貓嚴重感染後可導致鼻甲骨破壞與繼發性細菌感染。
雪貂感染人類流感病毒 (Influenza A 或 B) 引起的上呼吸道疾病，雪貂對人類流感病毒高度易感，可與人類互相傳播，為流感研究的重要動物模型。
雪貂細菌性或病毒性肺炎，可繼發於流感感染或吸入性損傷。表現為呼吸困難、咳嗽及鼻分泌物。需積極抗生素治療。
真菌性肺炎為深部真菌感染導致的肺部炎症。犬隻常見病原包括 Blastomyces、Histoplasma、Coccidioides 與 Cryptococcus。多數為地方性真菌（endemic mycoses），與地理分佈密切相關。感染通常經吸入孢子後在肺部建立。免疫抑制動物風險較高。
天竺鼠下呼吸道細菌感染，最常見病原為 Bordetella bronchiseptica 及 Streptococcus pneumoniae。天竺鼠呼吸道感染可快速進展為致命性肺炎，早期不易察覺，確診時常已嚴重。
倉鼠上/下呼吸道的細菌或病毒感染，表現為打噴嚏、鼻分泌物、呼吸困難。環境因素（氨氣濃度高、通風差）為重要誘因。
倉鼠呼吸道黴漿菌病是由黴漿菌（Mycoplasma 屬，缺乏細胞壁）感染上、下呼吸道纖毛上皮所致的呼吸道疾病，破壞黏液纖毛清除機制並引發黏膜發炎。早期以打噴嚏、鼻分泌物為主，病程進展可延伸至肺實質造成支氣管肺炎、呼吸困難與低血氧；臨床上常與繼發性細菌感染或環境緊迫並存。
血胸為胸腔內血液積聚，可由創傷、凝血障礙、腫瘤破裂或醫源性原因導致。創傷性血胸在犬隻最常見（交通事故、咬傷）。大量血胸可導致低血容量休克與呼吸衰竭。需迅速鑑別與處理。
肺間質纖維化、發炎或浸潤性病變,導致氣體擴散障礙及限制性呼吸困難。多為慢性進展性疾病。
愛爾蘭獵狼犬因免疫系統相對較弱與巨型體型,較易發生細菌性肺炎。吸入性肺炎與院內感染風險亦較高。
犬傳染性氣管支氣管炎的俗稱，由多種病毒與細菌混合感染引起的高度傳染性上呼吸道疾病，以陣發性乾咳為主要特徵，多數為自限性。
喉麻痺是因喉返神經功能障礙導致杓狀軟骨無法正常外展，造成上呼吸道阻塞的疾病。臨床上以吸氣性喘鳴音、運動不耐及呼吸困難為特徵，多見於中老年大型犬。近年研究認為多數老年犬的喉麻痺為全身性多發性神經病變的早期表現（GOLPP）。
喉部拉回固定術（杓狀軟骨側化術）為治療犬喉麻痺的標準手術。將一側杓狀軟骨固定在外展位置以擴大聲門開口改善呼吸。拉布拉多犬、黃金獵犬為喉麻痺好發品種。
喉部肌肉突然不自主收縮導致氣道完全或部分阻塞。常發生於麻醉誘導或清醒期,為緊急狀況。
支氣管及細支氣管的病變,包括慢性支氣管炎、氣喘等。症狀為咳嗽、喘鳴及呼吸困難。
肺葉沿其支氣管血管蒂發生旋轉，導致靜脈回流受阻、肺葉充血壞死及胸腔積液。為需要緊急外科介入的胸腔急症。深胸犬種 (如阿富汗獵犬) 及存在胸腔積液的犬貓為高風險族群。
上頜竇發炎或腫瘤,常因牙科疾病繼發或鼻腔疾病延伸。症狀為鼻分泌物、臉部腫脹及疼痛。
鼻孔擴大術（Alar fold resection / Alarplasty）為短頭犬/貓矯正手術。切除部分鼻翼皺褶以擴大狹窄的鼻孔開口改善鼻腔通氣。手術簡單、恢復快且效果顯著。